A partir de 15 de julho de 1799, o Príncipe do Brasil, D. João de Bragança, tornou-se Príncipe-regente de Portugal, pois sua mãe, a Rainha D. Maria I, foi declarada louca pelos médicos. Os acontecimentos na Europa, onde Napoleão Bonaparte se afirmava, sucederam-se com velocidade crescente.
Desde 1801 que se considerava a ideia da transferência da corte portuguesa para o Brasil. As facções no governo português, entretanto, se dividiam: -a facção anglófila, partidária de uma política de preservação do Império Colonial Português e do próprio Reino, através do mar, apoiados na antiga aliança Luso-Britânica; e -a facção francófila, que considerava que a neutralidade só poderia ser obtida através de uma política de aproximação com a França.
Ambas eram apoiadas pelas lojas maçônicas quer de origem inglesa, quer de origem francesa. Considere-se ainda que as ideias iluministas francesas circulavam clandestinamente em livros, cada vez mais abundantes.
A decretação do Bloqueio Continental em Berlim (1806) tornou mais difícil a neutralidade Portuguesa. Em 1807, o Tratado de Fontainebleaudividiu arbitrariamente Portugal em três reinos. Desde Outubro desse ano, Jean-Andoche Junot, antigo embaixador francês em Lisboa, preparava-se para invadir Portugal. Foi nesse contexto que D. João pactuou com a Grã-Bretanha a transferência do governo para o Rio de Janeiro, sob a proteção dos últimos.
Com a invasão francesa de Portugal em progresso, a 29 de novembro de 1807 iniciou-se a viagem da Família Real e da Corte Portuguesa. Dezoito navios de guerra portugueses e treze ingleses escoltaram mais de vinte e cinco navios mercantes de Lisboa até à costa do Brasil. A bordo seguiam mais de quinze mil portugueses. O Reino ficava a ser governado por uma Junta de Regência que Junot logo dissolveu.
Com a presença da Família Real Portuguesa no Brasil a partir de 1808, registrou-se o que alguns historiadores brasileiros denominam de "inversão metropolitana", ou seja, o aparelho de Estado Português passou a operar a partir do Brasil, que desse modo deixou de ser uma "colônia" e assumiu efetivamente as funções de metrópole.